A estrutura orgânica comporta órgãos tais como: conselho de administração e conselho aeronáutico;
Sistema Orgânico do IACM
- Conselho de Administração – órgão colegial responsável pela administração e gestão do IACM, bem como pela direcção dos respectivos serviços em conformidade com a lei e é composta por um presidente e dois administradores;
- Conselho Aeronáutico – Órgão alargado de consulta e apoio ao IACM;
Composição do Conselho Aeronáutico
- Órgão presidido pelo Presidente do Conselho de Administração, integra:
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- Membros do Conselho de Administração;
- Um Rrepresentante do Ministério das Finanças;
- Dois Representants do Ministério da Defesa;
- Dois Representantes do Ministério do Interior;
- Um Representante do Ministério de Administração Estatal;
- Um Representante de Operadores Aéreos;
- Um Representante da Junta de Médica Aeronáutica;
- UmRepresentante do Instituto Nacional de Meteorologia;
- UmRepresentante do Instituto Nacional das Comunicações;
- Um Representante do Instituto Nacional da Marinha.